首都医科大学临床检验诊断学系于2005年11月成立。经2012年、2018年、2021年三次换届调整，临床检验诊断学系现第四届系务委员会成员单位由首医系统20家临床医学院、11家教学医院和燕京医学院组成，临床资源丰富，学科实力雄厚。

临床检验诊断学系成员单位中，国家临床重点专科3家，北京市临床重点专科5家，获ISO15189认可12家，住院医（技）师规范化培训基地8家，学科带头人队伍及师资力量强，其中博士生研究生导师13名，硕士研究生导师33名，并有各级优秀教师百余人，目前承担国家级科研项目35项，总经费0.52亿，在全国处于领先地位。学系主要科学研究方向包括临床检验标准化、疾病标志物及分子机制、感染疾病病原学诊断技术、微生物分子诊断技术、抗菌药物耐药机制和诊断治疗研究、高通量检测技术、临床质谱技术应用研究等。2020年，医学检验技术专业成功入选国家级一流本科专业。